APLICATION OF CHITOSAN FOR WATER QUALITY AND MACROBENTHIC FAUNA REHABILITATION IN VANNAMEI SHRIMPS (LITOPENAEUS VANNAMEI) PONDS, NORTH COAST OF SEMARANG, CENTRAL JAVA - INDONESIA

Chitosan dikenal luas sebagai bahan pengawet makanan alami, seperti mie, boladaging, kedelai-tahu, berbagai sayuran segar, buah-buahan, produk daging dan ikan, dll.Chitosan adalah zat non-toksik, tidak memiliki efek samping sebagai makanan manusia dan dibuat dari kulit udang (Penaeidae), atau kepiting (Portunus pelagicus).
 Zat ini telah diperiksa di Lab Produk Alam, Universitas Diponegoro dan memberikan efek yang signifikan sebagai bakteriostatik dan bactericides untuk bakteri patogen seperti Salmonela.sp;
Pseudomonas, E.coli, B.subtilis, S.aureus, P.aeruginosa. Dalam studi tersebut, cairan kitosan (200 ppm) digunakan sebagai anti-bakteri patogen di kolam air payau sehingga dapat menghilangkan dan mengontrol bakteri atau wabah virus yang sejauh ini adalah masalah utama dalam ikan dan udangkegiatan budidaya.
 Penggunaan chitosan dalam kolam air payau dilakukan pada semi-tradisional Mangkang Kulon kolam di pesisir Semarang utara. Percobaan telah secara signifikan mengurangi padat tersuspensi atau meningkatkan transparansi, dan konten organik (5%) dari susbtrat bawah. Meningkatkan kelimpahan organisme makrobentik penting seperti Polychaeta (7-lipat) sebagai pakan alami penting bagi ikan budidaya dan udang serta meningkatkan indeks keragaman dari total makro-organismebentik.
 Penurunan pertumbuhan vektor penyakit bentik organisme seperti Cherithidae (gastropoda) sebesar 24,5%.Dengan penerapan chitosan telah secara signifikan mencegah wabah penyakit ikan dan udang dan meningkat hingga 80%.tingkat kelangsungan hidup Vanamae, serta Penaeus monodon udang windu, danpolkadot kerapu (Cromileptes, sp) juga meningkat di aplikasi lapangan lain.


selengkapnya bisa dilihat di sini

http://ejournal.undip.ac.id/index.php/coastdev/article/view/943

Resume Jurnal Bioinformatika Perikanan

PENDEKATAN METAGENOMIK DAN BIOINFORMATIKA UNTUK MENGANILISIS KOMUNITAS MIKROBA LAUT DI INDONESIA

1.       Pendahuluan

Mikroba adalah komponen penting dalam biota bumi, karena berperan sebagai biokatalis dan pentransformasi berbagai siklus biogeokimia biosfer. Isolasi mikroba biasanya dilakukan dengan mengisolasi secara langsung namun hal ini memiliki kendala karena kurang dari 1% mikroba saja yang dapat diisolasi. Dengan demikian sebagian besar mikroba yang ada belum dikenal ataupun dimanfaatkan.

Kenyataan tersebut telah merangsang pengembangan metagenomik dan didukung oleh bioinformatika. Metagenomik adalah analisis genom dari mikroba tanpa pengulturan mikroba. Keberhasilan mengungkap, mengisolasi, mengidentifikasi, menyimpan secara benar dan membuat database bakteri laut Indonesia dapat menyukseskan program sensus biota laut Indonesia. Diharapkan pula koleksi mikroba yang tersedia dapat dimanfaatkan secara berkesinambungan untuk membuka peluang pemanfaatan selanjutnya.

2.       Keragaman Komunitas Mikroba Laut

Air laut padat dengan mikroba yang mempunyai karakter spesifik, yaitu tahan pada salinitas tinggi, suhu, cahaya, dan lingkungan ekstrim lainnya. Bakteri genus Pseudomonas, Vibrio, dan Flavobacterium dianggap mampu menggambarkan hasil survei diversitas mikroba tanpa memerlukan kultivasi.

3.       Perbandingan Culture Dependent dan Independent berbasis rRNA

Inventarisasi populasi mikroba laut dengan menggunakan teknik ini telah banyak dikembangkan. Melalui pendekatan teknik rRNA dengan melakukan penyusunan pustaka klon gen 16S rRNA, analisis rRNA target dengan pelacak oligonukleotida menggunakan teknik fluorescence in situ hybridization, dan denaturing gradient gel electrophoresis berdasarkan amplifikasi rDNA dengan PCR, maka dapat ditunjukkan dinamika populasi mikroba laut yang begitu tinggi diversitasnya dalam waktu relatif singkat.

4.       Pendekatan Metagenomik

Salah satu teknik dalam analisis komunitas mikroba di alam ialah DGGE ataupun Temperature Gradient Gel Electrophoresis, dengan DGGE juga terlihat bakteri-bakteri yang beerperan dalam komunitasnya.

5.       Peranan Bioinformatika

Bioinformatika memegang peranan penting yaitu dalam proses pembacaan sekuen DNA. Pada saat ini banyak pekerjaan bioinformatika berkaitan dengan teknologi database. Database dari sekuen data yang ada dapat digunakan untuk mengidentifikasi homolgi pada molekul baru yang telah dicek dan disekuenkan di laboratorium. Setelah informasi dari database diperoleh, langkah berikutnya ialah  menganalisis data. Pencarian database umumnya berdasarkan pada hasil alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein.

6.       Prospek dan Aplikasi Pemanfaatan ke Depan

Keanekaragaman mikroba yang dapat hidup di laut Indonesia patut untuk dikonservasi serta dimanfaatkan untuk telaah potensinya di masa datang. Hasil analisis pusataka dengan bantuan bioinformatika akan diperoleh informasi genetika mikroba di suatu komunitas sehingga dapat digunakan untuk keperluan bioremediasi. Analisis terhadap pustaka genom yang telah diperoleh dapat digunakan untuk memperoleh biokatalis dan atau senyawa bioaktif bernilai ekonomi tinggi. Metagenomik tidak hanya dimanfaatkan aplikasinya dalam penelitian terapan, tetapi juga dapat digunakan untuk memperoleh pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroba di suatu lingkungan.

Jurnal dapat dilihat di

Pendekatan Metagenomik dan Bioinformatika